Fue construida en la primera mitad del siglo II a. C. y fue muchas veces remodelada y ampliada. Se presenta como una construcción de cuatro lados circundada por una terraza panorámica. Después del terremoto del año 62 la Villa cambió de propietarios y de usos: de vivienda señorial pasó a establecimiento agrícola. La propiedad de la Villa es desconocida, como ocurre con muchas casas privadas de la ciudad de Pompeya. Sin embargo, algunos objetos proporcionan claves tentadoras. Un sello de bronce encontrado en la villa menciona a L. Istacidius Zosimus, un liberto de la poderosa familia Istacidii. Los eruditos lo han propuesto como propietario de la villa o supervisor de la reconstrucción después del terremoto del año 62. En lugar de ello, la presencia de una estatua de Livia, esposa de Augusto, ha hecho que algunos historiadores consideraran que ella era la propietaria.
La Villa tenía bellas salas tanto para comer como para el ocio, y espacios más funcionales. Una prensa de vino fue descubierta cuando se excavó la Villa y ha sido restaurada a su ubicación original. No era infrecuente en las casas de los muy ricos incluir zonas para la producción de vino, aceite de oliva u otros productos agrícolas, especialmente desde que muchos romanos de la élite eran propietarios de granjas o huertos en la proximidad de sus villas. Es un ejemplo de una vivienda de gran lujo unida a una explotación agropecuaria. Se integra en el paisaje mediante grandes pórticos y galerías que dan a jardines colgantes. En este sentido, la Villa de los Misterios resulta muy distinta de las casas encontradas en la ciudad.
La Villa recibe su nombre por las pinturas en una habitación de la residencia. Este espacio pudo haber sido un
triclinium, y está decorado con frescos del siglo I a. C. Aunque el tema real es objeto de controversia, la interpretación más usual de las imágenes es que se trata de la iniciación de una mujer en un culto especial a Dioniso, un culto mistérico que requería ritos específicos y rituales para convertirse en miembro. Del resto de interpretaciones, la más destacada es la de Paul Veyne, quien cree que representa a una joven pasando por los ritos del matrimonio.
Las imágenes son muy elocuentes: un niño leyendo el ritual bajo la supervisión de una matrona, una joven que lleva una bandeja con ofrendas, un grupo de señoras en una celebración sacramental, un
sileno que toca una lira mientras una jovencita ofrece su seno a una cabra, otro viejo sileno ofrece bedidas a un pequeño sátiro mientras otro más joven le alcanza una máscara teatral, entre muchas otras. También se representan las bodas de Dionisio y Ariadna.
Como en otras zonas de Pompeya y Herculano, se encontraron una serie de cuerpos en la villa, de los que se hicieron modelos en yeso.
